È nato ad Acireale in Sicilia nel 1934.
Dopo il 1952, compiuti gli studi liceali, prima ancora di trasferirsi definitivamente, trascorse a Roma molti mesi dell´anno frequentando la Facoltà di lettere dell´Università ma soprattutto studiando composizione sotto la guida di Robert W. Mann e venendo presto a contatto con gli ambienti musicali più attenti alla ricerca.
Dopo l´esordio nei concerti delle Settimane Internazionali di Nuova Musica di Palermo con L´anima e i prestigi (1962),le sue musiche furono presto eseguite in varie sedi, dalla Biennale di Venezia alla Biennale des Jeunes di Parigi, al Reconnaissance des musiques modernes di Bruxelles.
È di quegli anni l´impegno con Franco Evangelisti, Aldo Clementi e Daniele Paris nelle attività dell´Associazione romana "Nuova Consonanza". Del 1972 è la sua prima esperienza di teatro musicale: Sylvia simplex (ornitoscopia) la cui prima esecuzione fu al teatro di Palazzo Grassi per la Biennale veneziana.
Al teatro musicale Pennisi tornò nel 1982 all´Accademia Filarmonica Romana con Descrizione dell´isola Ferdinandea su proprio testo per la quale disegnò anche le scene, e - più tardi, quasi a cadenza decennale, nel 1991 - con L´esequie della luna su una "narrazione fantastica" di Roberto Andò da Lucio Piccolo.
L´esequie della luna fu messa in scena per le "Orestiadi di Gibellina", festival ai cui spettacoli il compositore aveva già partecipato scrivendo le musiche di scena per la trilogia di Eschilo (nella traduzione di Emilio Isgrò con le scene di Arnaldo Pomodoro) e per la Didone di Christopher Marlowe.
A questa serie di musiche per il teatro è anche da aggiungere un’opera radiofonica, Aci, il fiume, su testi di Ovidio e da Gòngora. Ma il catalogo delle sue opere è soprattutto costituito da lavori cameristici e per orchestra.
Tra le tante opere per pochi strumenti si ricorda qui la raccolta di sette musiche intitolata Carteggio, la cui prima esecuzione si ebbe a Venezia per il Festival della Biennale del 1979 e, in una versione con implicazioni teatrali, l´anno successivo a Milano, alla Piccola Scala.
Un settore particolarmente "affollato" è infine quello delle musiche per orchestra, spesso con solista: dalle due partiture per flauto e orchestra Arioso mobile (1981) e Eclisse a Fleri (1985) alle due per arpa e orchestra: L´arrivo dell´Unicorno (1984-85) e Angelica in bosco (1991) ambedue scritte per i concerti dell´Accademia di Santa Cecilia; da Memorie e Varianti composto per i cinquant´anni dell´Orchestra Sinfonica di Torino della RAI nel 1985, a La partenza di Tisias (1979) per viola e orchestra eseguito per la prima volta nei Concerti della RAI di Roma. Ultimi lavori sono The Wild Swans (1992) scritto per i Concerti Nord-Sud delle Radio europee e Medea dixit (1993).
